Třináctiletý Harry Potter znovu nerad tráví své další prázdniny u rodiny Dursleyových, letos navíc se zlou tetou Marge, která přijela na návštěvu se svým psem Raťafákem. I přes přísný zákaz používání kouzel jí Harry promění v obrovský balón a v noci uteče záchranným autobusem do hospody Děravý kotel.

 Zde se setká s ministrem kouzel Korneliem Popletalem, který ho překvapivě za jeho provinění nepotrestá. Je to proto, že z vězení v Azkabanu uprchl nebezpečný čaroděj Sirius Black, který podle legend přivedl lorda Voldemorta k Harryho rodičům a je tak zodpovědný za jejich smrt. 

Nyní Voldemort usiluje také o zabití Harryho. A aby nebyl všem hrůzám konec, hostí Bradavická škola hrozivé Azkabanské stráže, zvané mozkomoři. Ti mají za úkol ochraňovat Harryho a další studenty před černým čarodějem. Jako každý rok i tento se objevuje nový učitel obrany proti černé magie Remus Lupin. I tento profesor má jedno tajemství a to, že za každého úplňku se z hodného a starostlivého profesora stává vlkodlak. 

Hagrid seznámí Harryho s Klofanem, což je pták s koňským tělem a obrovskými křídly. Po rituálu, který musí Harry provést aby se mohl ke Klofanovi v klidu přiblížit bez úhony, mu Hagrid dovolí, aby se na něm mohl proletět kolem Bradavických pozemnků. Tento rituál ovšem nafoukaný Draco Malfoy nedodrží a přistoupí ke Klofanovi rázně a tvrdě, Klofan opětuje obranou a Draca zraní. Otec Draca, Lucius Malfoy tvrdí na ministerstvu, že Klofan je velice nebezpečné zvíře a po zranění co způsobil jeho synovi, musí být Klofan popraven. 

Mozkomoři napadnou Harryho při famfrpálovém zápase. Mozkomor začne z Harryho tahat krásné zážitky a hezké vzpomínky, Harry omdlívá a z koštěte padá.. Střetnutí mezi Harrym a záhadným vězněm Siriusem Blackem se zdá být nevyhnutelné. Harry Potter bude potřebovat veškerou možnou kuráž, kouzla a podporu, aby dokázal odhalit pravdu a vazby na tajemnou minulost. Nakonec očistí jeho jméno a Sirius je volný. Harry je dozvídá, že právě Sirius je jeho kmotr.